א. בעלי תעודות הסמכה לכתיבת סת"ם, (וחלקם אף מגיהים מוסמכים), חוזרים תמידים כסדרן על הלכות סת"ם. (קו"י לב, קטו)
ב. בני תורה ויראי שמים ובעלי המלצות מרבנים מוכרים, או מוכרים אישית ע"י רבני המכון. (הנחיות הבד"צ)
ג. הסופרים מודרכים ע"י רבני הבד"צ ורבני המכון 'תפארת יוסף' הן בצורת האותיות והן בהלכות הכתיבה, ולהלן מספר הנחיות הנוגעות לכתיבה.
1. אין לשמוע שירים או שעורים בזמן הכתיבה. (שו"ת מעיין אומר, שו"ת שבט הלוי ח"ו ס"ו)
2. במקרה של פסיל אות או יותר יש למחוק את כל האותיות ולא להשאיר מהם שום רושם. (ולא להסתפק בביטול האותיות). (משנ"ב ל"ב סקי"ג בשם הפמ"ג)
3. קידוש בשם כל אחד בפני עצמו, (בני יונה יו"ד רעו ס"ג) וללא ספקות. (שו"ע, בהנחיית הבד"צ)
4. אין להשאיר מרווח של ג' יודים בין המילים. (שו"ת שבט הקהתי ח"א סימן מ"ז)
5. אין להוציא שום אות מחוץ לשיטה. (שו"ע סימן לב סעיף לג)
6. יש להחמיר בשנוי לרגע. (שו"ת אבני נזר או"ח ס"ג אות יב)
7. יש להחמיר בחצי אות שלא כסדרן. (שו"ת אבני נזר או"ח סימן ט-י.)
8. אין הסופר רשאי לתקן בסכין אלא רק הרב של המכון ע"פ הנחיות רבני הבד"צ. (קיצור כללי 'שלא כסדרן מהפמ"ג, ושאר אחרונים שהביא במשנ"ב ס"ס לו).
9. אין לכתוב תאריכים מאחורי הקלף. (הנחיית הבד"צ)
10. תיוג שעטנ"ז ג"ץ כולל בדק חיה מלא כולל יודי"ן. (קו"י או"ח לו אות טז, בשם האריז"ל)
11. תיוג הסת"ם בדיו. (הנחיית הבד"ץ)
12. אין לעשות תיקונים לאחר גמר הכתיבה אלא רק ע"י יעוץ עם רבני המכון. (הנחיית הבד"צ וכנ"ל)